快试试这个Kaggle大数据集高效访问教程 数据太多而无法使用 (快试试这个家常烧饼做法)

文章编号:36889 资讯动态 2024-11-30 数据处理kaggle

译者:AI研习社( 季一帆 )

双语原文链接: Tutorial on reading large>大规模数据集

数据太多而无法使用?快试试这个Kaggle大数据集高效访问教程

我敢肯定,你在解决某些问题时,一定报怨过没有足够的数据,但偶尔也会抱怨数据量太多难以处理。本文探讨的问题就是对超大规模数据集的处理。

在数据过多的情况下,最常见的解决方案是根据RAM采样适量数据,但这却浪费了未使用的数据,甚至可能导致信息缺失问题。针对这些问题,研究人员提出多种不同的非子采样方法。需要注意的时,某一方法是无法解决所有问题的,因此在不同情况下要根据具体需求选择恰当的解决方案。

本文将对一些相关技术进行描述和总结。由于 Riiid! Answer Correctness Prediction 数据集由10列,超1亿行的数据组成,在Kaggle Notebook中使用pd.read_csv方法读取会导致内存不足,因此本文将该数据集做为典型示例。

不同安装包读取数据的方式有所不同,Notebook中可用方法包括(默认为Pandas,按字母表排序):

除了从csv文件读取数据外,还可以将数据集转换为占有更少磁盘空间、更少内存、读取速度快的其他格式。Notebook可处理的文件类型包括(默认csv,按字母表排序):

请注意,在实际操作中不单单是读取数据这么简单,还要同时考虑数据的下游任务和应用流程,综合衡量以确定读取方法。本文对此不做过多介绍,读者可自行查阅相关资料。

同时,你还会发现,对于不同数据集或不同环境,最有效的方法往往是不同的,也就是所,没有哪一种方法就是万能的。

后续会陆续添加新的数据读取方法。

方法

我们首先使用Notebook默认的pandas方法,如前文所述,这样的读取因内存不足失败。

import pandas as pdimport dask.dataframe as dd# confirming the default pandas doesn't work (running thebelow code should result in a memory error)#> 数据太多而无法使用?快试试这个Kaggle大数据集高效访问教程

是最常用的数据集读取方法,也是Kaggle的默认方法。Pandas功能丰富、使用灵活,可以很好的读取和处理数据。

使用pandas读取大型数据集的挑战之一是其保守性,同时推断数据集列的数据类型会导致pandas>

帮助文档:

%%timedtypes = {"row_id": "int64","timestamp": "int64","user_id": "int32","content_id": "int16","content_type_id": "boolean","task_container_id": "int16","user_answer": "int8","answered_correctly": "int8","prior_question_elapsed_time": "float32","prior_question_had_explanation": "boolean"}data = pd.read_csv("../input/riiid-test-answer-prediction/train.csv", dtype=dtypes)print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 8min 11s, sys: 10.8 s, total: 8min 22sWall time: 8min 22s
data.head()

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Dask介绍

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Dask提供并行处理框架对pandas工作流进行扩展,其与Spark具有诸多相似之处。

帮助文档:

%%timedtypes = {"row_id": "int64","timestamp": "int64","user_id": "int32","content_id": "int16","content_type_id": "boolean","task_container_id": "int16","user_answer": "int8","answered_correctly": "int8","prior_question_elapsed_time": "float32","prior_question_had_explanation": "boolean"}data = dd.read_csv("../input/riiid-test-answer-prediction/train.csv", dtype=dtypes).compute()print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 9min 24s, sys: 28.8 s, total: 9min 52s

Wall time: 7min 41s

data.head()

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Datatable介绍

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受R语言data.table的启发,python中提出,该包可快速读取大型数据集,一般要比pandas快得多。值得注意的是,该包专门用于处理表格数据集,能够快速读取大规模的表格数据集。

帮助文档:

#> %%timedata = dt.fread("../input/riiid-test-answer-prediction/train.csv")print("Train size:",> 数据太多而无法使用?快试试这个Kaggle大数据集高效访问教程

Rapids介绍

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提供了在GPU上处理数据的方法。通过将机器学习模型转移到GPU,Rapids可以在一个或多个GPU上构建端到端的数据解决方案。

帮助文档:

# rapids installation (make sure to turn on GPU)import sys!cp ../input/rapids/rapids.0.15.0 /opt/conda/envs/rapids.tar.gz!cd /opt/conda/envs/ && tar -xzvf rapids.tar.gz > /dev/nullsys.path = ["/opt/conda/envs/rapids/lib/python3.7/site-packages"] + sys.pathsys.path = ["/opt/conda/envs/rapids/lib/python3.7"] + sys.pathsys.path = ["/opt/conda/envs/rapids/lib"] + sys.pathimport cudf
%%timedata = cudf.read_csv("../input/riiid-test-answer-prediction/train.csv")print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 4.58 s, sys: 3.31 s, total: 7.89 s

Wall time: 30.7 s

data.head()

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文件格式

通常,我们会将数据集存储为容易读取、读取速度快或存储容量较小的格式。数据集存储有各种不同的格式,但不是每一种都可以被处理,因此接下来,我们将介绍如何将这些数据集转换为不同的格式。

# target="_blank">此处获取,不包括竞赛组提供的原始csv数据。

csv格式

大多数Kaggle数据集都提供了csv格式文件。该格式几乎成为数据集的标准格式,而且所有方法都支持从csv读取数据。

更多相关信息见:

%%timedtypes = {"row_id": "int64","timestamp": "int64","user_id": "int32","content_id": "int16","content_type_id": "boolean","task_container_id": "int16","user_answer": "int8","answered_correctly": "int8","prior_question_elapsed_time": "float32","prior_question_had_explanation": "boolean"}data = pd.read_csv("../input/riiid-test-answer-prediction/train.csv", dtype=dtypes)print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 8min 36s, sys: 11.3 s, total: 8min 48sWall time: 8min 49s

feather格式

以feature(二进制)格式存储数据对于pandas极其友好,该格式提供了更快的读取速度。

了解更多信息:

%%timedata = pd.read_feather("../input/riiid-train-data-multiple-formats/riiid_train.feather")print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 2.59 s, sys: 8.91 s, total: 11.5 sWall time: 5.19 s

hdf5格式

HDF5是用于存储、管理和处理大规模数据和复杂数据的高性能数据管理组件。

了解更多信息:

%%timedata = pd.read_hdf("../input/riiid-train-data-multiple-formats/riiid_train.h5", "riiid_train")print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 8.16 s, sys: 10.7 s, total: 18.9 sWall time: 19.8 s

jay格式

Datatable支持.jay(二进制)格式,其在读取jay格式数据时速度快得超乎想象。从下面的示例可以看到,该方法读取整个riiid数据集用时甚至不到1秒!

了解更多信息:

%%timedata = dt.fread("../input/riiid-train-data-multiple-formats/riiid_train.jay")print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 4.88 ms, sys: 7.35 ms, total: 12.2 msWall time: 38 ms

parquet格式

在Hadoop生态系统中,parquet是tabular的主要文件格式,同时还支持Spark。经过近年的发展,该数据格式更加成熟,高效易用,pandas目前也支持了该数据格式。

%%timedata = pd.read_parquet("../input/riiid-train-data-multiple-formats/riiid_train.parquet")print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 29.9 s, sys: 20.5 s, total: 50.4 sWall time: 27.3 s

pickle格式

对象可以以pickle格式存储,pandas内置支持pickle对象的读取和写入。

了解更多信息:

%%timedata = pd.read_pickle("../input/riiid-train-data-multiple-formats/riiid_train.pkl.gzip")print("Train size:",> Train size: (101230332, 10)CPU times: user 5.65 s, sys: 7.08 s, total: 12.7 sWall time: 15 s

不同方法各有千秋

数据太多而无法使用?快试试这个Kaggle大数据集高效访问教程

每种方法都有自己的优缺点,例如:

因此,希望读者掌握不同的方法,并根据实际需求选择最恰当的方法。我始终相信,研究不是技术驱动的,技术方法只是手段,要有好主意、新想法、改进技术才能推动数据科学的研究与发展。

在经过大量研究后,我确信不同数据集具有不同的适用方法,因此要多尝试,千万不要试图一招半式闯江湖。

在不断更新的开源软件包和活跃的社区支持下,数据科学必将持续蓬勃发展。


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